微生物實驗室設(shè)計中非常重要的一環(huán)就是工作區(qū)域的規(guī)劃。為了防止交叉污染，保護工作人員的健康，實驗室至少應(yīng)劃分為三個區(qū)域。即：清潔區(qū)、操作區(qū)和無菌區(qū)。

清潔區(qū)應(yīng)包含辦公等區(qū)域，操作區(qū)應(yīng)配置通風柜，保持實驗室內(nèi)溫濕度恒定，且配置供水系統(tǒng)以及廢液處理系統(tǒng)；無菌區(qū)應(yīng)配置潔凈工作臺，生物安全柜等。

微生物實驗室規(guī)劃設(shè)計時，標準的實驗室設(shè)施和必要的防護設(shè)備是必須的。